Najstarsza wzmianka o kościele w Koźlu pochodzi z 1293 r. Pierwotnie pozostawał on budowlą drewnianą, pełniącą funkcję fary miejskiej i pozostającą pod patronatem zakonu joannitów (do 1810 r.). Przed 1323 r. dobudowano od południa kaplicę p.w. NMP. Pierwsza świątynia murowana spłonęła w pożarze w 1454 r. W nowym gotycko-renesansowym kształcie z wieżą w południowo-zachodnim narożniku kościół odbudowany został przed 1570 r. Znacznie uszkodzony w czasie oblężeń miasta w trakcie wojen śląskich oraz w 1807 r. Gruntownie przebudowany w 2 połowie XIX w. wraz ze zmianą wyposażenia w latach 30. XX w.

Za